二氧化碳培養箱有兩種類型的加熱結構可供選擇——水套式加熱和氣套式加熱，這兩種加熱系統都是十分有效的,但是也是有各自的優點和缺點。
水套式是通過一個獨立的熱水間包圍內部的箱體來維持溫度恒定的。熱水通過自然對流在箱體內循環流動,熱量通過輻射傳遞到箱體內部從而保持了溫度的恒定。水套式最大的優勢在于水，水是一種很好的絕熱物質,當遇到斷電的時候,水套式就能更穩定的保持培養箱內的溫度（據統計，維持溫度恒定的時間是氣套式的4-5倍）。如果您的實驗環境不太穩定（如有用電限制,或者經常停電）并需要保持長時間穩定的培養條件,水套式二氧化碳培養箱就是*選擇。
氣套式是通過箱內的加熱器直接對箱內氣體進行加熱的，在箱門頻繁開關所引起的溫度改變下能夠迅速恢復箱體內的溫度穩定。氣套式最大的優勢在于加熱快,在需要頻繁打開箱體門的情況下氣套式溫度的恢復比水套式更迅速,十分利于短期培養以及需要箱門頻繁開關的實驗。氣套式還有一大優勢在于簡易，水套式需要定期對水箱加水、清理，需要監控水箱運作的情況，而氣套式更簡單化。在使用氣套式培養箱時,需要注意的是還應該有一個風扇，以保證箱內空氣的流通和循環。